Über das TWRP kannst du ein Nandroid backup machen, und dieses dann auf den PC kopieren.
Um die Daten einzeln zu kopieren, musst du das Verzeichnis suchen, in dem die jeweiligen Daten gespeichert sind und dann diese Verzeichnisse kopieren.
Die Daten auf der SD-Karte würde ich direkt kopieren, indem du die Karte einfach in den PC steckst, oder mit dem Windows Explorer kopierst.
Über fastboot kannst du natürlich auch die Daten kopieren, du musst dann in ADB die entsprechenden Befehle suchen, dabei kannst du dann natürlich auch ganze Partitionen kopieren.
Die Ausführung ist nicht ganz einfach mit ADB.
Ich weiß jetzt nicht , was du mit factory mode meinst.