Updates.
Auch gab es früher wohl Probleme mit Root, GApps, ... Soll wohl inzwischen gehen.
Recovery warten leider noch auf sowas wie TWRP. Da ist immer mal wieder in größeren Abständen wer dran. LineageOS Recovery oder die der anderen ROMs haben ebenfalls noch keine Backup Funktion.
In der Hoffnung das mit dem 8er und dem neuen OS mehr Bewegung in allen Bereichen passiert.
Mit MicroG hab ich inzwischen schon die Erfahrung gemacht, das zwar fast alles geht. Aber sowas wie Push bspw. DHL Packstation App (gar nicht) oder Updates von gekauften Apps nur mit dem richtigen Account geht. In App oder sowas wie Tellows (Premium derzeit nur durch In App) auch nicht. Viele Entwickler bieten auch Apps selbst an ohne Play/Store. Da gibt es dann aber ggf. auch Probleme mit Auto Updates, da diese meist nur angezeigt/gemacht werden wenn man die App öffnet.
Wenn die natürlich "kostenlos" (Aurora Store) oder als Open Source in F-Droid in irgendeinen Repo gelistet sind, dann ist das natürlich kein Problem.
Bspw. bietet Threema für Libre inzwischen ein eigenes F-Droid Repo an trotz notwendiger Lizenz, die man bei denen auf der Seite bekommen kann.
Achso, manche Entwickler sind inzwischen ziemlich zickig was "Verify/Safety" angeht und verweigern den Dienst ohne Play Dienste, mit Root und Co. Bspw. Banking, Payback, Streaming, ...
Bei Streaming geht es jedenfalls wenn man Aurora statt Play Store nutzt, dann lässt sich die App installieren.